Quer zur Mittelachse befand sich das Herrenhaus. In ihm schlug das Herz des Latifundiums
Die Ausstattung des zentralen Empfangssaales mit einer Kassettendecke und Wandgliederungen durch Pilaster (Halbsäulen) und Gesimse lassen die ehemals vorhandene Pracht erkennen. Die Grundrisse der Räumlichkeiten im unteren Stockwerk entsprechen dem Grabungsbefund. Die Mauern stehen exakt auf den antiken Fundamenten.
Vor allem im großen Empfangssaal der Villa von Echternach haben sich umfangreiche Reste einer aufwendigen Wandverkleidung aus Marmor erhalten, die eine architektonische Gliederung aus Pilastern und Gesimsen in zwei Geschossen imitierte. Sie diente als Vorbild für die Rekonstruktion der Saalwände in Borg, allerdings mit der Abwandlung, dass die Pilasterarchitektur in Stuck ausgeführt und auf die obere Wandzone beschränkt wurde. Die untere Zone wurde hier, italischen Vorbildern folgend, lediglich malerisch gegliedert.
Der Grundriss des Hauptflügels legt die Annahme nahe, dass der Bau zweistöckig war, wobei sich aber der in der Mitte gelegene Saal als hohe Halle über beide Stockwerke erstreckte. Für die Erschließung der Obergeschosse waren deshalb zwei Treppen erforderlich, die in den schmalen Korridoren zu beiden Seiten des Saales untergebracht waren.
Bei der Rekonstruktion des Gebäudes wurde auf die Imitation eines römischen Mosaikbodens verzichtet, da wenige Kilometer entfernt, in Nennig (Gemeinde Perl), eines der prächtigsten Beispiele im Original zu besichtigen ist. Lediglich in der Mitte des Saales wurde aus den alten Steinchen ein in Borg nachgewiesenes Motiv als Einfassung des Wasserbeckens rekonstruiert.
Kassettendecken entstammen ursprünglich der repräsentativen Architektur der Tempel und großer öffentlicher Gebäude, wo sie oft in Stein ausgeführt waren. Ihre Verwendung in privaten Villen – hier wohl meistens aus Holz – ist vor allem durch antike Wandgemälde bezeugt. Mittlerweile konnte durch die Analyse der Deckenbemalungen im Rahmen einer Dissertation an der Universität zu Köln für die Villa Borg eine Kassettendecke eindeutig nachgewiesen werden.
Die Räume des Herrenhauses werden heute als Museum genutzt, in dem neben Funden aus Borg auch Exponate aus dem Landkreis Merzig-Wadern ausgestellt sind.